Die Kantonsschule Enge besteht als Schule unter diesem Namen seit 1979, am heutigen Standort seit 1959, als eigenständige Institution seit 1904 und geht im Kern zurück bis ins Jahr 1833.
Die Kantonsschule Zürich wurde 1833 gegründet. Seit 1842 bestand neben dem Gynasium, das für die Universität vorbereitete, die sog. Industrieschule für Jugendliche, die sich technischen oder kaufmännischen Berufsarten zuwenden wollten.
1904 gründete der Kanton Zürich nach eidgenössischen Vorgaben aus der Industrieschule heraus die «Kantonale Handelsschule Zürich» als neue Abteilung der Kantonsschule. Die grosse Mehrheit der Schüler erwarb nach vierjähriger Ausbildung ein eidgenössisch anerkanntes Handelsdiplom, eine kleine, aber wachsende Zahl nach fünfeinhalbjähriger Ausbildung eine kantonal anerkannte Handelsmatur.
Als nach dem Zweiten Weltkrieg die Mittelschulen stark ausgebaut wurden, errichtete der Kanton Zürich 1956–1959 auf der linken Limmatseite eine neue Schulhausanlage mit der Bezeichnung «Kantonsschule Freudenberg» und verlegte die Handelsschule zusammen mit Teilen des Gymnasiums in das neue Areal.
Bis 1976 wurde die Schule fast nur von Knaben besucht. Lediglich im letzten Schuljahr, das vom Handelsdiplom zur Handelsmatur führte, wurden Mädchen aus der Handelsschule der Stadt Zürich in Hottingen aufgenommen. Dann führte die Übernahme der städtischen Töchterschule durch den Kanton zur Koedukation und zur Beschränkung des Einzugsgebiets auf den südwestlichen Kantonsteil. In diese Zeit fiel auch ein starkes Wachstum der Maturitätsabteilung, die eidgenössische Anerkennung als Maturitätsschule Typus E sowie die neue Bezeichnung als Wirtschaftsgymnasium.
Mit der Einführung des Neusprachlichen Gymnasiums Typus D wurde das Typenangebot erweitert. Alle Veränderungen zusammen gaben der Schule eine neue Prägung: einerseits als modernes Kurzgymnasium und traditionelle Handelsschule, andererseits als eine Mittelschule mit einem nahezu ausgeglichenen Verhältnis der Geschlechter. Diese Schule erhielt einen neuen Namen: sie hiess seit 1979 Kantonsschule Enge Zürich. Die zukunftsgerichtete Orientierung der Schule fand Ausdruck in der frühen Einführung eines Reformmodells mit Wahlsystem auf der Oberstufe aller Abteilungen.
Die Kantonsschule Enge führt bis heute die Tradition der Handelsschule Zürich fort und betreibt neben den gymnasialen Lehrgängen eine Handelsmittelschule.